福州水质监测有限公司成立于2018年1月，为福州市自来水有限公司的全资子公司，独立法人单位，前身为福州市自来水有限公司水质监测站，公司同时是国家城市供水水质监测网福州监测站。
1994年从福州市自来水总公司中心化验室组建国家城市供水水质监测网福州监测站，进行了计量认证，属于建设部第一批计量认证的城市供水监测站，是福建省水质监测网中心站。承担供水主管部门的水质督查、水质应急、数据统计，地方水质相关规范、规划、管理文件的起草工作，参加住房与城乡建设部布置的水质检测方法的验证工作。
福州水质监测有限公司承担福州市自来水有限公司水质管理和水质监测管理职能，承担多项科研课题研究工作，同时承担第三方公正性的检测工作。
按国家认监委要求建立检测管理体系，经认证的项目有195项，覆盖生活饮用水、饮用净水、二次供水、地表水、地下水、污水、水处理剂、污泥。配置的仪器设备固定资产原值达1900万元，现有实验室总面积约3500m2，温控面积达2000m2。
